- Cửa khẩu phụ Sở Thượng (Phường Thường Lạc) có chức năng chính là phục vụ hoạt động giao thương, trao đổi hàng hóa nhỏ lẻ giữa cư dân biên giới Việt Nam - Campuchia và hỗ trợ kiểm soát an ninh, ngăn chặn buôn lậu và xuất nhập cảnh trái phép.

- Cửa khẩu phụ Thông Bình (Xã Tân Thành) có chức năng chính là tạo điều kiện thuận lợi cho người dân hai nước qua lại làm ăn, thăm thân và là điểm giao dịch thương mại tiểu ngạch, đặc biệt là nông sản; kiểm soát an ninh.

- Cửa khẩu phụ Mộc Rá (Phường Hồng Ngự) có chức năng chính là hỗ trợ lưu thông hàng hóa nông sản (lúa gạo, thủy sản) giữa Đồng Tháp và tỉnh Prey Veng (Campuchia); kiểm soát hoạt động biên giới, phòng chống buôn lậu.

- Cửa khẩu phụ Á Đôn (Phường Hồng Ngự) có chức năng chính là tạo điều kiện cho thương mại biên giới và giao lưu dân cư, kết nối với tỉnh Prey Veng (Campuchia); kiểm soát liên ngành (biên phòng, hải quan, y tế).