Theo quy định tại khoản 1 Điều 27 của Luật Tổ chức chính quyền địa phương thì chính quyền địa phương ở đặc khu thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn tương ứng của chính quyền địa phương ở xã. Trường hợp đặc khu được công nhận loại đô thị theo quy định của pháp luật thì chính quyền địa phương ở đặc khu thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn tương ứng của chính quyền địa phương ở phường. Do đó, Hội đồng nhân dân đặc khu thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn giống như nhiệm vụ, quyền hạn của Hội đồng nhân dân xã. Trường hợp đặc khu được công nhận loại đô thị theo quy định của pháp luật thì Hội đồng nhân dân đặc khu thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn giống như nhiệm vụ, quyền hạn của Hội đồng nhân dân phường.

Theo quy định tại khoản 1 Điều 28 của Luật Tổ chức chính quyền địa phương, tại đặc khu có dân số thường trú dưới 1.000 người thì không tổ chức cấp chính quyền địa phương. Ủy ban nhân dân đặc khu là cơ quan hành chính nhà nước, do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định thành lập, thực hiện vai trò của chính quyền địa phương tại đặc khu này.